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Das Gebiet der Musiktheorie ist ein zentraler Arbeitsschwerpunkt am Institut für Musikforschung. Als solcher wurde er begründet durch das Unternehmen der "Geschichte der Musiktheorie", das nach sorgfältiger Planung und intensiver Diskussion durch führende deutsche Musikwissenschaftler am SIM verankert wurde; das Projekt geht auf eine Anregung von Carl Dahlhaus zurück. Ergänzt wird es in jüngerer Zeit durch eine Reihe von "Studien zur Geschichte der Musiktheorie", in der Forschungsergebnisse vorgestellt werden, die im Kontext der Arbeit am Hauptprojekt entstanden sind. Ein neuer, spezifischer Schwerpunkt des Instituts sind Forschungen, in denen den vielfältigen Beziehungen von historischer Musiktheorie und der Praxis des Musizierens klanganalytisch nachgegangen wird.